Ambicien për t’u bërë pjesë e Gjykatës Kushtetuese Marsida Xhaferllari e ka arsyetuar edhe me një numër të pazakontë përfaqësimesh në Gjykatën Kushtetuese, në mbrojtje të akteve, ligjeve dhe marrëveshjeve të qeverisë ‘Berisha’. Në përshkrimin e motivacionit me shkrim drejtuar Këshillit për Emërimet në Drejtësi, Xhaferllari ka pohuar se ka mbrojtur 50 herë degët e qeverisë Berisha në Kushtetuese. Bëhet fjalë për periudhën 2008-2013, kur Xhaferllari e përzgjedhura e Presidentit Ilir Meta si anëtare e Gjykatës Kushtetuese, ushtronte detyrën e Drejtoreshës së Përgjithshme në Ministrinë e Drejtësisë, duke punuar pranë ish-ministrave të Drejtësisë, Enkelejd Alibeaj dhe Eduard Halim. Gjatë kësaj periudhe, konkretisht, në fund të vitit 2009 dhe në fillim të vitit 2010, Xhaferllari ka mbrojtur në Gjykatën Kushtetuese marrëveshjen e detit me Greqinë, pakt i cili u hodh poshtë nga gjykata si antikushtetues dhe në dëm të interesave të Shqipërisë.
Gjatë seancës vlerësuese në Këshillin e Emërimeve në Drejtësi, pra para se të emërohej nga Meta jashtë afatit ligjor, jashtë tre kandidatëve të parë të renditur nga KED në vend të Arta Vorpsit, Xhaferllari është pyetur nga anëtarët e KED për çështjet e mbrojtura në Kushtetuese. Në fjalën e saj Xhaferllari ka pohuar se “vitin e parë të punës ka qenë një vit që unë kam marrë udhëzime dhe miratime të qëndrimeve pothuajse të shprehura, në kuptimin që mbasi vinte çështja, përgatisja dhe thoja që ka këto hapësira veprimi, janë këto çështje dhe ju lutem më miratoni nëse është në rregull kjo strategji mbrojtjeje”. Pas vitit të parë, Xhaferllari thotë se i kanë lënë dorë të lirë. Por, ajo ka pohuar se kur ishte ndonjë çështje sensitive, njoftohej më parë se si duhej të ishte qasja, pra se si duhej bërë mbrojtja.
Xhaferllari: ‘Më pas me thënë të drejtën në një fare mënyrë më është lënë dorë e lire. Dorë e lirë në kuptimin që unë kam ndjekur këtë lloj procedure. Por kur kanë qenë çështje sensitive padyshim që më kanë njoftuar se si do të jetë qasja. Mbaj mend, për të veçuar, psh. ka qenë një çështje më të përndjekurit, me ligjin e të përndjekurve politik, që shoqata e të përndjekurve politike e kontestoi në Gjykatën Kushtetuese. Ndoshta për shkak të përvojës, unë isha marrë me çështjen e dëmshpërblimit financiar të të përndjekurve politik dhe duke lexuar letrat e provat nga shteti shqiptar në vitin 45-50 kisha një lloj emocioni për çështjen. Dhe mbaj mend që aty e kam pas shumë të vështirë pjesëmarrjen personale, në kuptimin që më mundonte dilema që këto janë shtrese e vuajtur, kanë vuajtur tërë jetën. Në dy tre çështje që ato kishin ngritur, unë në thelb besoja që kishin të drejtë’.
Pas vitit 2013 deri në fund të vitit 2018, Marsida Xhaferllari ka shërbyer i Kryeinspektore në Këshillin e Lartë të Drejtësisë, një institucion i kritikuar fort nga ndërkombëtar për mbrojtjen e gjyqtarëve të korruptuar. Xhaferllari, ka punuar pranë ish-krerëve të KLD Bujar Nishani dhe Ilir Meta, ndërsa kishte pikërisht për detyrë për trajtimin e ankesave ndaj gjyqtarëve. Gjatë detyrës si kryeinspektore janë regjistruar me mijëra ankesa kundër gjyqtarëve, ndërsa numri i ndëshkimeve është i papërfillshëm. Konflikti se kush është anëtare e ligjshme e Gjykatës Kushtetuese, Marsida Xhaferllari apo Arta Vorpsi është zhvendosur në Komisionin e Venecias.
